בית המשפט הגבוה לצדק (בג"ץ) מתאפיין בהליכים ייחודיים המבדילים אותו מערכאות משפט אחרות. ראשית, בג"ץ מהווה ערכאה ראשונה ואחרונה בעניינים שבסמכותו, ואין ערעור על החלטותיו. ההליך בבג"ץ נפתח באמצעות עתירה, ולא בכתב תביעה כמו בבתי משפט רגילים. זכות העמידה בבג"ץ רחבה יחסית, ומאפשרת גם לעותרים ציבוריים להגיש עתירות בנושאים בעלי חשיבות ציבורית, גם אם אין להם נגיעה אישית ישירה לעניין.
מאפיין ייחודי נוסף הוא הדיון המקדמי בעתירה. לאחר הגשת העתירה, בג"ץ יכול להוציא צו על תנאי המורה למשיבים לנמק מדוע לא יינתן הסעד המבוקש, או לחלופין לדחות את העתירה על הסף. במקרים רבים, עצם הגשת העתירה והוצאת צו על תנאי מביאים לפתרון העניין ללא צורך בהכרעה שיפוטית, שכן הרשויות מעדיפות לתקן את הפגם שבגינו הוגשה העתירה. בג"ץ גם נוהג לעודד הידברות בין הצדדים ולעיתים אף מציע פתרונות מעשיים לסכסוך.
סדרי הדין בבג"ץ גמישים יותר מאשר בבתי משפט רגילים. בג"ץ אינו כבול לדיני הראיות הרגילים ויכול לקבל ראיות שלא היו מתקבלות בהליך רגיל. כמו כן, בג"ץ מפעיל ביקורת שיפוטית על החלטות של רשויות המדינה תוך שימוש בכלים ייחודיים כמו מבחני סבירות ומידתיות. העתירות נשמעות בפני הרכב של שלושה שופטים לפחות, ובמקרים בעלי חשיבות מיוחדת – בפני הרכב מורחב.
בג"ץ מתאפיין גם בדחיפות מיוחדת בטיפול בעתירות מסוימות. במקרים דחופים, בג"ץ יכול לקיים דיון תוך ימים ספורים מהגשת העתירה ואף להוציא צווי ביניים המקפיאים את המצב עד להכרעה סופית. בנוסף, בג"ץ נוהג לפרסם את החלטותיו באופן מיידי באתר הרשות השופטת, מתוך הכרה בחשיבות הציבורית של פסיקותיו. הפומביות והשקיפות של הליכי בג"ץ מהוות חלק מהותי מתפקידו כמגן על שלטון החוק וזכויות האדם.
ההבדל המרכזי בין בג"ץ לבין בית המשפט לעניינים מנהליים נעוץ בסמכויות השיפוט ובאופי הדיון בכל ערכאה. בעוד שבג"ץ הוא ערכאה שיורית הדנה בעניינים שלא נמסרו לסמכות בית משפט או בית דין אחר, בית המשפט לעניינים מנהליים הוא מחלקה בבית המשפט המחוזי שהוקמה מכוח חוק בתי משפט לעניינים מנהליים, ודן בעניינים ספציפיים שנקבעו בתוספת לחוק. בבית המשפט לעניינים מנהליים יושב שופט יחיד, בעוד שבבג"ץ יושב הרכב של שלושה שופטים לפחות. זכות העמידה בבית המשפט לעניינים מנהליים מצומצמת יותר ומחייבת נגיעה אישית לעניין, בעוד שבבג"ץ היא רחבה יותר ומאפשרת גם עתירות ציבוריות. בנוסף, על החלטות בית המשפט לעניינים מנהליים ניתן לערער לבית המשפט העליון בזכות או ברשות, בעוד שעל החלטות בג"ץ אין ערעור. סדרי הדין בבית המשפט לעניינים מנהליים פורמליים יותר ודומים לאלה הנהוגים בבית המשפט המחוזי, בעוד שבבג"ץ הם גמישים יותר.
