מיסוי מוניציפאלי מהווה את אחד ממקורות ההכנסה העיקריים של הרשויות המקומיות בישראל, ומאפשר להן לממן את פעילותן ולספק שירותים לתושבים. המרכיב המרכזי במיסוי המוניציפאלי הוא הארנונה, שהיא מס המוטל על מחזיקי נכסים בתחום הרשות המקומית. גובה הארנונה נקבע לפי תעריפים שונים בהתאם לסוג הנכס (מגורים, מסחר, תעשייה וכדומה), גודלו, מיקומו ושימושו, כאשר התעריפים נקבעים במסגרת צו הארנונה השנתי של הרשות.
לצד הארנונה, הרשויות המקומיות גובות היטלים ואגרות שונים המהווים חלק מהמיסוי המוניציפאלי. היטלי פיתוח, למשל, נגבים לצורך מימון תשתיות כמו כבישים, מדרכות, תיעול וביוב. אגרות נגבות עבור שירותים ספציפיים כמו רישוי עסקים, שילוט, או פינוי אשפה מעסקים. בנוסף, חלק מהרשויות המקומיות גובות היטל השבחה על עליית ערך נכסים כתוצאה משינויים בתכניות בניין עיר.
מערכת המיסוי המוניציפאלי כוללת גם מנגנונים של הנחות ופטורים לאוכלוסיות מסוימות. קיימות הנחות בארנונה למגורים עבור אזרחים ותיקים, נכים, משפחות חד-הוריות, מקבלי קצבאות שונות ועוד. ההנחות נקבעות בחקיקה ראשית ובתקנות, כאשר חלקן הן הנחות חובה שהרשות מחויבת לתת, וחלקן הנחות רשות שהרשות יכולה להחליט אם להעניק ובאיזה שיעור.
אחד האתגרים המרכזיים במיסוי המוניציפאלי הוא הפער בין רשויות מקומיות חזקות לחלשות. רשויות בהן יש שטחי מסחר ותעשייה נרחבים נהנות מהכנסות ארנונה גבוהות, בעוד רשויות שבהן בעיקר שימושי מגורים מתקשות לממן את פעילותן מהכנסות עצמיות. כדי להתמודד עם פערים אלו, המדינה מפעילה מנגנוני איזון והעברות תקציביות לרשויות חלשות, אך עדיין קיימים פערים משמעותיים ברמת השירותים בין הרשויות השונות.
